棉花加工企业的主管部门是哪个

棉花加工企业的主管部门是农业农村部。该部门负责制定行业政策、监督生产标准、审批企业资质。农业农村部下属的农产品质量安全中心直接管理棉花质量检测工作，确保符合国家标准。全国棉花加工技术与设备标准化技术委员会也由农业农村部指导，制定行业技术规范。各省农业农村厅负责辖区内企业日常监管，组织年度审核，检查安全生产条件。

棉花加工行业还受国家市场监督管理总局监督。该部门负责产品质量抽查、计量器具检定、企业营业执照管理。市场监管总局下属的中国纤维质量监测中心定期发布质量报告，处理质量投诉。地方市场监管局负责查处假冒伪劣产品，规范市场秩序。海关总署对进出口棉花实施检验检疫，确保符合国际贸易标准。